Pandikar menceburi bidang politik pada 1982 apabila bertanding bagi kawasan Parlimen Kota Belud, tetapi tewas. Pada tahun yang sama beliau bertanding pula pada Pilihan Raya Kecil (PRK) kawasan DUN Usukan, Sabah dan berjaya memenangi kerusi itu atas tiket USNO.[2]

Beliau pernah menjadi Ketua UMNO Bahagian Kota Marudu dan meletak jawatan selepas menjawat jawatan Speaker Dewan Rakyat. Beliau juga pernah memegang jawatan Speaker Perhimpunan Negeri Sabah dari 1986 hingga 1988[3].

Beliau juga merupakan bekas Senator dan dilantik sebagai Menteri di Jabatan Perdana Menteri (1999-2002).

Beliau pernah menjadi Presiden Angkatan Keadilan Rakyat (AKAR BERSATU), sebuah parti politik dari Sabah yang telah dibubarkan. Beliau juga merupakan Setiausaha Agung Pertubuhan Sabah Bajau Bersatu (USBO). Pada 2004 beliau menjadi (ADUN) Tempasuk, Sabah.